前往澎湖東嶼坪主要有兩種船班方式:南海交通船(公營)及民間旅遊船(包船或一日遊)。
澎湖馬公出發:「南海遊客中心」搭乘固定交通船或包船前往,航程約 1-1.5 小時。
台南將軍港出發(夏季限定):從臺南出發至東吉嶼約1小時航程,有民營客輪固定開航。