前往澎湖將軍嶼主要有兩種船班方式:
澎湖馬公出發經望安轉乘:上午時分可於「南海遊客中心」搭乘交通船 (約 60 分鐘) 至望安後,轉搭計程船 (約 10 分鐘
) 至將軍澳。
澎湖馬公出發直達:可於「南海遊客中心」搭乘固定交通船或包船前往,每日有不定期班次,馬公直達將軍約需 40 分鐘。